Le parcours de soins

Plusieurs actions marquantes ont été menées en 2023 pour faciliter le parcours de soins :

• Le recensement de praticiens volontaires qui souhaitent participer à l'interprétation clinico-biologique des données issues du PFMG2025 a été actualisé ;
• Une quatrième campagne de validation de nouvelles préindications a été lancée ;
• L’utilisation de prélèvements fixés (FFPE) en cancérologie est déployée progressivement ;
• De nouvelles recommandations ont été publiées sur le site du PFMG2025 pour les demandes de réanalyse ciblée et pour la mise en place de circuits rapides pour les mineurs ;
• Les deux notices d’information initiales du PFMG2025 ont été déclinées en sept nouvelles versions adaptées à différents niveaux de compréhension pour les adultes, les mineurs et leurs parents.

Chaque mois, les LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN transmettent un bilan d’activité à l’équipe de coordination du PFMG qui en fait une synthèse à l’échelle nationale. 10 845 prescriptions ont été validées en RCP-FMG d’amont en 2023 :

• 8 957 pour les maladies rares
• 97 pour l’oncogénétique
• 1 791 pour les cancers

Et 8 275 comptes rendus ont été remis aux médecins prescripteurs :

• 6 890 pour les maladies rares et l’oncogénétique
• 1 385 pour les cancers

Ainsi, plus de 26 000 prescriptions ont été effectuées et plus de 16 000 comptes-rendus ont été remis aux prescripteurs dans le cadre du PFMG2025.      L’implication forte de nombreux acteurs du parcours de soin se traduit en 2023 par la poursuite de la dynamique de montée en charge de l’activité par rapport aux années précédentes, tant par l’augmentation du nombre de prescriptions (+47% par rapport à 2022) que par le nombre de comptes-rendus remis aux prescripteurs (+57% par rapport à 2022). On observe toujours un retard du nombre de prescriptions en cancérologie mais leur nombre a fortement augmenté (+69%) en 2023, suite au déploiement de postes de chargés de parcours génomique pour accompagner les prescripteurs sur le terrain et la possibilité d’utiliser différents types de prélèvements tumoraux. L’augmentation significative du nombre de comptes-rendus en 2023, notamment en génétique constitutionnelle (+62%) illustre également la mobilisation des biologistes pour l’interprétation clinico-biologique, un des enjeux majeurs du PFMG2025. Le recours à des biologistes exerçant en dehors des GCS a permis d’augmenter la capacité d’interprétation des deux LBM-FMG dans un contexte d’augmentation du nombre de prescriptions mais les délais de rendu des résultats restent un point d’attention.  

L’avancement des projets pilotes

 Menés dans le cadre de la recherche, les projets pilotes visent à identifier les différents verrous d’ordre technologique, réglementaire et organisationnel au niveau du parcours de soin. Ils comprennent également des projets ancillaires dans le champ des Sciences Humaines et Sociales et d’évaluation médico-économique.

• Les inclusions des 1275 trios dans DEFIDIAG, portant sur la déficience intellectuelle, sont terminées. Les analyses des données sont en cours de finalisation et des premiers résultats ont été présentés aux 12èmes Assises de Génétique Humaine et Médicale;
• Les inclusions sont également terminées pour MULTISARC, portant sur les sarcomes des tissus mous, avec 439 patients randomisés et 10 thérapies ciblées disponibles dans le cadre de l’essai ;
• Le protocole du projet GLUCOGEN, portant sur les formes atypiques de diabète, a été validé par un CPP et soumis à la CNIL ;
• Enfin, le projet POPGEN, en population générale, a inclus les 10250 participants attendus de la cohorte Constances. Le génotypage est achevé et le séquençage du génome complet est finalisé pour 4000 d’entre eux.

 

La réutilisation des données pour la recherche

L’année 2023 a été marquée par la poursuite de la mise en œuvre du Collecteur Analyseur de Données (CAD), l’infrastructure du PFMG2025 permettant la réutilisation des données du PFMG2025 dans le cadre de la recherche. La structure juridique a été créée en fin d’année 2022 sous la forme d’un Groupement d’Intérêt Public (GIP) rassemblant neuf membres fondateurs : l’Etat (Ministère du Travail et de la Santé, Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche), AURAGEN, SeqOIA, la Conférence des DG de CHU, Unicancer, l’Inserm, le CEA, l’Inria et France Universités. La première Assemblée Générale du CAD s’est déroulée en Mars 2023. Didier Samuel, PDG de l’Inserm, a été élu Président de l’AG du GIP. Mme Stéphanie Decoopman, représentante de la Conférence des DG de CHU, a été élue Vice-Présidente. Le Directeur Général, Philippe-Jean Bousquet, a pris ses fonctions en Décembre 2023. La mise en place opérationnelle de l’infrastructure du CAD et la conduite des démarches réglementaires se sont accélérées en 2023, avec en particulier le recrutement des équipes techniques et des fonctions support. En fin d’année 2023, 10 projets de recherche ont été validés par le Comité Scientifique et Ethique du CAD.  

Les collaborations internationales

En 2023, le PFMG2025 a poursuivi sa démarche de mise en place d’accords de collaboration avec des initiatives nationales de médecine génomique au travers de la signature d’un Memorandum of Understanding (MoU) avec le Danish National Genome Center. Des discussions ont également été initiées avec le NHS Gemonic Medicine Service et la Hartwig Medical Foundation aux Pays-Bas. L’objectif est de mutualiser les efforts nécessaires à la mise en œuvre de la médecine génomique. Par ailleurs, la France participe activement à l'initiative européenne « 1+MG » qui a pour objectif de créer un réseau de données génétiques et cliniques à travers l'Europe. En lien avec cette initiative, le PFMG2025 et le CAD participent à plusieurs projets européens, comme CanHeal, dans le domaine de la médecine de précision en cancérologie, et Genomic Data Infrastructure (GDI), visant à créer une infrastructure fédérée pour le partage des données génomiques à l’échelle européenne. En 2023, le PFMG2025 et le CAD ont également été sollicités pour participer aux projets European Rare Diseases Research Alliance (ERDERA) et Genome of Europe, dont l’objectif est de fournir une référence sur les fréquences des variants génétiques dans la population européenne.

Suite aux résultats d’une étude pilote menée conjointement par le CRefIX, AURAGEN et SeqOIA, la réalisation d’examens pangénomiques à partir de prélèvements FFPE est déployée progressivement dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. Depuis juillet 2023, il est possible d’adresser des prélèvements FFPE à AURAGEN pour les patients résidant dans les territoires d’Outre-Mer pour toutes les préindications de cancérologie du PFMG2025. Depuis novembre 2023, il est possible d’adresser des prélèvements FFPE à AURAGEN et SeqOIA pour les patients atteints de :

• cancers du pancréas ;
• cholangiocarcinomes ;
• cancers de primitif inconnu ;
• néoplasies neuroendocrines.

et répondant aux critères des préindications de cancérologie du PFMG2025 Retrouvez la note d’information sur le site du PFMG2025.

Monsieur D., 61 ans, sans antécédent personnel ou familial notable, a été diagnostiqué en 2017 d’un cancer rare : un améloblastome de la mandibule, traité chirurgicalement. En 2019 et 2020, le patient présente deux récidives locales traitées chirurgicalement pour lesquelles des prélèvements cryopréservés sont réalisés. Une troisième récidive locale en 2021 étant non résécable et non irradiable, un traitement systémique doit être introduit. Au vu du caractère rare de la tumeur et de l’absence d’option thérapeutique, le patient est discuté en RCP-FMG de l’Institut Curie et un examen pangénomique sur SeqOIA est validé. L’analyse du génome par GS et ES permet de mettre en évidence une mutation activatrice oncogénique du gène FGFR2 et la RCP-FMG recommande en conséquence un traitement par erdafinitib, un inhibiteur du récepteur du facteur de croissance des fibroblastes (FGFR) agissant sur la différenciation, la prolifération, l'angiogenèse et la survie des cellules tumorales. Sur cette base, Monsieur D. est inclus dans le programme de recherche clinique BLC 2001 en décembre 2022 et reçoit alors l’erdafitinib. Après plus de 12 mois de traitement, le patient présente toujours une très bonne réponse partielle. Ce cas clinique illustre l’apport du séquençage à haut débit dans le cadre du PFMG 2025 pour la stratégie thérapeutique des cancers rares, permettant à ce patient de recevoir une thérapie ciblée efficace en fonction des résultats de séquençage.