Les projets pilotes visent à mettre en place un parcours de soin opérationnel et efficace. Ils permettent de détecter les points de blocage et y trouvent des solutions concrètes. Les projets pilotes incluant le séquençage sont réalisés auprès de cohortes d’individus spécifiques.

La mise en œuvre du séquençage à haut débit du génome sur notre territoire demande de relever un certain nombre de défis technologiques et scientifiques, cliniques et réglementaires. L’objet des projets pilotes est de tester le parcours de soin déployé, incluant la mise en œuvre du séquençage haut débit. Les objectifs secondaires de ces études vont donner des informations d’ordre :

  • Médico-économique, notamment l’analyse d’impact financier et social pour les familles.
  • Social, avec des études dites SHS (Sciences Humaines et Sociales)

Les grandes étapes de mise en œuvre des projets pilotes impliquent aussi le Centre de référence d’innovation, d’expertise et de transfert (CRefIX) et le collecteur analyseur de données (CAD).

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Au nombre de quatre, les projets de recherche « pilotes » portent sur :

  • Le cancer : projet MULTIPLI (MULTISARC : sarcome des tissus mous),
  • Les maladies rares : projet DEFIDIAG (déficience intellectuelle)
  • Les maladies communes : projet GLUCOGEN (diabète)
  • Une étude en population générale, POPGEN, destinée à répertorier les variants génétiques présents dans la population française. Elle pourra servir d’aide à l’interprétation du rôle des variants génétiques identifiés chez les malades. POPGEN s’appuie sur la cohorte Constances.

Les quatre projets pilotes sont opérationnels. Ils associent des professionnels spécialistes d’horizons variés : cliniciens, biologistes, généticiens, bio-informaticiens méthodologistes, économistes de la santé, personnels dédiés à la recherche, etc.

Tous partagent l’objectif de faisabilité du séquençage génétique à haut débit accessible pour tous, sur tout le territoire.

OÙ EN EST-ON ?

La préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire - juin 2021
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Selon l’avancement des inclusions dans le projet pilote DEFIDIAG dans les différents centres, la préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire. Aujourd’hui, il est possible de prescrire un examen pangénomique dans le cadre de cette préindication dans les régions Île-de-France, Grand-Est, Occitanie, Bretagne, Hauts-de-France et en Outre mer.

MULTIPLI : 110 participants randomisés dans l’étude - juin 2021
DEFIDIAG : 930 trios inclus soit 73 % des inclusions - juin 2021
MULTISARC : 94 patients inclus - avril 2021
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Les projets pilotes réalisés dans le cadre du Plan Français de Médecine Génomique (PFMG2025) visent à identifier et lever les verrous qui pourraient bloquer le déploiement d’un parcours de soin opérationnel et efficace.

 

Les sarcomes des tissus mous (STM) représentent 1% des cancers de l’adulte et 15% des cancers de l’enfant. Malgré un traitement locorégional bien conduit, 40% des patients vont développer une rechute métastatique. Les options de traitement sont alors limitées et la médiane de survie chez ces patients reste faible (entre 12 et 18 mois), sans amélioration depuis les années 1970. Des travaux récents ont mis en évidence que la réalisation d’un séquençage génétique pouvait permettre de mettre en évidence une altération génomique actionnable chez près de 50% des patients atteints de STM.

L’essai MULTISARC, est un essai clinique multicentrique randomisé de médecine génomique personnalisée incluant des patients atteints de STM métastatiques. Le schéma de l’étude inclut un séquençage de l’exome et du transcriptome, afin de pouvoir proposer un accès à des molécules ciblées à chaque patient présentant une altération ou une signature d’expression actionnable.

L’essai MULTISARC a pour objectif principal d’évaluer la faisabilité du séquençage de l’exome et du transcriptome chez des patients atteints de STM avancés. La faisabilité est définie comme étant la proportion de participants pour lesquels les résultats de séquençage sont interprétables, discutés en RCP (réunion de concertation multidisciplinaire) et transmis à l’investigateur dans un délai de 7 semaines suivant la réception des échantillons.

Cet essai permettra également de déterminer si le choix des traitements guidé par le séquençage génomique est une stratégie qui améliore la survie des patients. Ainsi, grâce à un partenariat public-privé avec 4 industriels, 10 thérapies ciblées sont disponibles en monothérapie ou en combinaison dans le cadre de sous-essais de phase II, dont l’objectif est d’évaluer l’efficacité de la thérapie ciblée en terme de taux de non-progression à 6 mois. Les patients inclus dans le bras avec séquençage et pour lesquels il aura été mis en évidence une altération génomique ciblable par l’une des thérapies ciblées disponibles pourront en bénéficier. Les participants ayant été randomisés dans le bras sans séquençage pourront être inclus dans le bras avec séquençage après échec des traitements standards.

Grâce aux efforts de toutes les équipes impliquées depuis la mise en œuvre de l’étude en octobre 2019, 94 patients ont été randomisés dans les 14 centres ouverts aux inclusions, dont 47 patients sont randomisés dans le bras « avec séquençage ». Les échantillons de 43 patients ont été analysés. Parmi eux, 23 ont au moins une altération ciblable dans le cadre de l’essai, au sein desquels 6 d’entre eux ont terminé leur première ligne de traitement et ont donc ainsi pu être inclus par la suite dans un des sous-essais de phase II. Ci-après la courbe des inclusions et la répartition des centres ouverts (en rouge) ou des ouvertures prévues (en violet) montrant la couverture territoriale.

 

Article :

FMG2025 Workflow study group (Alliance nationale des sciences de la Vie et de la santé), et al. ; ESMO Open ; 2020

DEFIDIAG : 821 trios inclus dans l’étude, soit 64% des inclusions, et premiers rendus de résultats - avril 2021
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Les projets pilotes réalisés dans le cadre du Plan Français de Médecine Génomique (PFMG2025) visent à identifier et lever les verrous qui pourraient bloquer le déploiement d’un parcours de soin opérationnel et efficace.

 

La présence d’une déficience intellectuelle est l’une des raisons les plus fréquentes de recours à un bilan génétique médical. Elle est sous tendue par une grande hétérogénéité génétique correspondant à une myriade de maladies rares, qui complique l’identification de la cause chez un nouveau patient, première étape pour un suivi approprié et pour le conseil génétique.

Le projet pilote DEFIDIAG du PFGM2025 a pour hypothèse que le séquençage complet du génome pourrait permettre au moins un doublement du rendement du diagnostic moléculaire (de 30 à 60%) par rapport à la stratégie standard (ACPA, X-Fra, DI 44) et améliorer ainsi la prise en charge des patients atteints de déficience intellectuelle.

Son objectif :

Comparer le pourcentage de diagnostics moléculaires identifiés chez les patients déficients intellectuels* par une analyse de séquençage de génome (WGS) en trio (enfants et ses 2 parents) par rapport à la stratégie de référence française actuelle (ACPA, X-Fra, DI 44).

* Venant pour une première consultation de génétique et dont les échantillons d’ADN des parents sont disponibles.

Où en est l’essai DEFIDIAG ?

Grâce à l’implication forte des équipes participantes, 64% des inclusions ont été effectuées avec 821 familles inclues en 9 mois. Cela représente 2463 participants sur les 3825 attendus.

Côté séquençage, un peu plus de 1000 génomes ont été séquencés et préanalysés par le CNRGH dans le cadre du projet, l’analyse bioinformatique étant effectuée par les équipes de l’Institut Imagine. Les premiers rendus de résultats ont été effectués auprès des familles.

Pour permettre l’atteinte des objectifs d’ici l’automne, 3 nouveaux centres vont participer au projet et soutenir ainsi les inclusions : Angers, Grenoble et Reims.

 

Tous les généticiens, investigateurs, cliniciens, biologistes, informaticiens, spécialistes de recherche clinique et professionnels impliqués depuis 3 ans dans le projet DefiDiag ont été bouleversés de la mort brutale de leur collègue et ami, le professeur Thierry Frébourg. Ils lui dédient avec émotion ce projet qui lui tenait particulièrement à cœur, en hommage aux talents et qualités exceptionnels qu’il avait, là aussi, mis au service de ce grand programme national dont il était inspirateur et coordinateur.

POPGEN : envoi des premiers courriers d’inclusion aux volontaires - mars 2021
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Début de la période de recrutement dans la recherche POPGEN. Envoi des courriers d’inclusion contenant notamment un kit salivaire au domicile des 15000 volontaires Constances sélectionnés.

POPGEN : obtention de l’ensemble des autorisations réglementaires - janvier 2021
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Les autorisations réglementaires de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de Protection des Personnes (CPP) sont obtenus.

Le Conseil scientifique (CS) et le Comité de Pilotage de la cohorte Constances ont également émis un avis favorable pour la réalisation du projet POPGEN.

Publication d’un article sur le projet MULTIPLI - juillet 2020
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FMG2025 Workflow study group (Alliance nationale des sciences de la Vie et de la santé), et al. ; ESMO Open ; 2020
DEFIDIAG : 1er patient inclus - mars 2020
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Le 1er patient a été inclus à Strasbourg en mars 2020 et 1275 patients seront inclus au total.

DEFIDIAG : obtention de l’ensemble des autorisations réglementaires - novembre 2019
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Les autorisations réglementaires de l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de protection des personnes (CPP) ont été obtenus.

MULTISARC : 1er patient inclus - octobre 2019
MULTIPLI : obtention de l’ensemble des autorisations réglementaires - juillet 2019
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Les autorisations réglementaires de l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de protection des personnes (CPP) sont obtenus.

POPGEN : validation de la faisabilité d’échantillons salivaires pour l’analyse génétique - juin 2019
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Réalisation d’une étude pré-pilote visant à évaluer la qualité des séquences obtenues à partir d’échantillons salivaires par rapport aux données provenant de prélèvements sanguins, chez les mêmes individus. Recherche menée avec l’appui de la cohorte Gazel.

Un article scientifique a été publié à ce propos :

Anthony F. Herzig, Lourdes Velo-Suárez, Gaëlle Le Folgoc, Anne Boland, Hélène Blanché, Robert Olaso, Liana Le Roux, Christelle Delmas, Marcel Goldberg, Marie Zins, Franck Lethimonnier, Jean-François Deleuze, Emmanuelle Génin ; Genetic Epidemiology ; 2021

MULTIPLI : validation des procédures du circuit génétique - septembre 2017
MULTIPLI : lancement d’un partenariat public-privé pour le projet pilote - mars 2017
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Le partenariat public -privé a abouti à la suite d’une sélection de laboratoires pharmaceutiques.