Les projets pilotes visent à mettre en place un parcours de soin opérationnel et efficace. Ils permettent de détecter les points de blocage et y trouvent des solutions concrètes. Les projets pilotes incluant le séquençage sont réalisés auprès de cohortes d’individus spécifiques.
La mise en œuvre du séquençage à haut débit du génome sur notre territoire demande de relever un certain nombre de défis technologiques et scientifiques, cliniques et réglementaires. L’objet des projets pilotes est de tester le parcours de soin déployé, incluant la mise en œuvre du séquençage haut débit. Les objectifs secondaires de ces études vont donner des informations d’ordre :
- Médico-économique, notamment l’analyse d’impact financier et social pour les familles.
- Social, avec des études dites SHS (Sciences Humaines et Sociales)
Les grandes étapes de mise en œuvre des projets pilotes impliquent aussi le Centre de référence d’innovation, d’expertise et de transfert (CRefIX) et le collecteur analyseur de données (CAD).
Au nombre de quatre, les projets de recherche « pilotes » portent sur :
- Le cancer : projet MULTIPLI (MULTISARC : sarcome des tissus mous),
- Les maladies rares : projet DEFIDIAG (déficience intellectuelle)
- Les maladies communes : projet GLUCOGEN (diabète)
- Une étude en population générale, POPGEN, destinée à répertorier les variants génétiques présents dans la population française. Elle pourra servir d’aide à l’interprétation du rôle des variants génétiques identifiés chez les malades. POPGEN s’appuie sur la cohorte Constances.
Les quatre projets pilotes sont opérationnels. Ils associent des professionnels spécialistes d’horizons variés : cliniciens, biologistes, généticiens, bio-informaticiens méthodologistes, économistes de la santé, personnels dédiés à la recherche, etc.
Tous partagent l’objectif de faisabilité du séquençage génétique à haut débit accessible pour tous, sur tout le territoire.
OÙ EN EST-ON ?
Les ADN salivaires exploitables des volontaires de la cohorte Constances ont été génotypés au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH). Ces données sont en cours d’analyses par l’équipe de l’Emmanuelle Génin, à Brest.
Les inclusions dans la recherche POPGEN se sont terminées en février 2022 et 10 250 volontaires de la cohorte Constances ont renvoyé leur formulaire de consentement à la Fondation Jean Dausset – Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH).
Vous retrouverez ces articles sur le site de Defidiag ou dans les publications PFMG2025.
Selon l’avancement des inclusions dans le projet pilote DEFIDIAG dans les différents centres, la préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire. Aujourd’hui, il est possible de prescrire un examen pangénomique dans le cadre de cette préindication dans les régions Île-de-France, Grand-Est, Occitanie, Bretagne, Hauts-de-France et en Outre mer.
Grâce aux efforts de toutes les équipes impliquées depuis la mise en œuvre de l’étude en octobre 2019, 94 patients ont été randomisés dans les 14 centres ouverts aux inclusions, dont 47 patients sont randomisés dans le bras « avec séquençage ». Les échantillons de 43 patients ont été analysés. Parmi eux, 23 ont au moins une altération ciblable dans le cadre de l’essai, au sein desquels 6 d’entre eux ont terminé leur première ligne de traitement et ont donc ainsi pu être inclus par la suite dans un des sous-essais de phase II.
Ci-après la courbe des inclusions et la répartition des centres ouverts (en rouge) ou des ouvertures prévues (en violet) montrant la couverture territoriale.
Grâce à l’implication forte des équipes participantes, 64% des inclusions ont été effectuées avec 821 familles inclues en 9 mois. Cela représente 2463 participants sur les 3825 attendus.
Côté séquençage, un peu plus de 1000 génomes ont été séquencés et préanalysés par le CNRGH dans le cadre du projet, l’analyse bioinformatique étant effectuée par les équipes de l’Institut Imagine. Les premiers rendus de résultats ont été effectués auprès des familles.
Pour permettre l’atteinte des objectifs d’ici l’automne, 3 nouveaux centres vont participer au projet et soutenir ainsi les inclusions : Angers, Grenoble et Reims.
Début de la période de recrutement dans la recherche POPGEN. Envoi des courriers d’inclusion contenant notamment un kit salivaire au domicile des 15000 volontaires Constances sélectionnés.
Les autorisations réglementaires de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de Protection des Personnes (CPP) sont obtenus.
Le Conseil scientifique (CS) et le Comité de Pilotage de la cohorte Constances ont également émis un avis favorable pour la réalisation du projet POPGEN.
Le 1er patient a été inclus à Strasbourg en mars 2020 et 1275 patients seront inclus au total.
Les autorisations réglementaires de l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de protection des personnes (CPP) ont été obtenus.
Les autorisations réglementaires de l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de protection des personnes (CPP) sont obtenus.
Réalisation d’une étude pré-pilote visant à évaluer la qualité des séquences obtenues à partir d’échantillons salivaires par rapport aux données provenant de prélèvements sanguins, chez les mêmes individus. Recherche menée avec l’appui de la cohorte Gazel.
Un article scientifique a été publié à ce propos :
Anthony F. Herzig, Lourdes Velo-Suárez, Gaëlle Le Folgoc, Anne Boland, Hélène Blanché, Robert Olaso, Liana Le Roux, Christelle Delmas, Marcel Goldberg, Marie Zins, Franck Lethimonnier, Jean-François Deleuze, Emmanuelle Génin ; Genetic Epidemiology ; 2021
Le partenariat public -privé a abouti à la suite d’une sélection de laboratoires pharmaceutiques.
- MULTIPLI : Présentation du programme
- MULTIPLI : Faisabilité du séquençage à haut débit contre le cancer
- DEFIDIAG : Genome Sequencing for Genetics Diagnosis of Patients With Intellectual Disability: The DEFIDIAG Study
- DEFIDIAG : The Economic, Medical and Psychosocial Consequences of Whole Genome Sequencing for the Genetic Diagnosis of Patients With Intellectual Disability: The DEFIDIAG Study Protocol
- Molecular profiling of advanced soft-tissue sarcomas: the MULTISARC randomized trial