Centre de Référence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert (CRefIX)

Le Centre de Référence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert (CRefIX) constitue un élément important du parcours génomique français.

Dans sa dimension de référence et d’expertise au niveau national, il permet de préparer les futures évolutions et innovations technologiques, de développer les procédés et d’harmoniser protocoles et méthodes, avant d’assurer leur déploiement et mise en production.

Les projets d’innovation seront le fait de partenariats public-privés dans le contexte de la constitution d’une nouvelle filière associée. Le déploiement et l’intégration de nouvelles pratiques s’accompagneront de formations spécifiques en articulation avec les évolutions réglementaires et éthiques nécessaires.

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Le centre stratégique de R&D, s’appuyant sur les meilleures expertises du CEA, de l’Inriae, de l’Inserm et du monde industriel, assure au plan un déploiement optimisé à court, moyen et long terme.

Le CRefIX a une double mission :

1) établir des référentiels et standards à mettre en œuvre sur les sites de production diagnostique : projets de recherche pilotes, plateformes de séquençage génomique, collecteur analyseur de données.

2) innover et accélerer le transfert en lien avec les acteurs industriels, pour assurer la compétitivité du plan et développer une filière industrielle nationale.

Le CRefIX contribue au développement et à l’intégration d’innovations aux étapes clefs de la médecine génomique, depuis le prélèvement (sang, tissus), la préparation des échantillons biologiques et le séquençage du génome, jusqu’à l’analyse bioinformatique et l’interprétation des données.

Missions R&D

Contribution aux Projets pilotes

Le CRefIX participe à la définition des projets pilotes du plan France médecine génomique 2025 :

  • MULTIPLI (sarcome des tissus mous),
  • DEFIDIAG (déficience intellectuelle)
  • GLUCOGEN (diabète atypique)
  • POPGEN (population générale)

Le Centre national de recherche sur le génome humain (CNRGH) réalisera les séquençages et l’analyse bioinformatique primaire de ces projets.

Innovation

Le CRefIX crée des collaborations avec l’ensemble des acteurs impliqués : industriels, experts académiques et  plans génomiques européens ou internationaux. Il contribue ainsi à la constitution d’une filière industrielle dédiée.

Dans ce contexte, le CRefIX s’appuie sur des partenariats public-privés pour :

  • développer des projets d’innovation et/ou lever des verrous majeurs,
  • accélérer le transfert des connaissances et des technologies.

Exemples d’initiatives :

  • Journée d’audition d’industriels

Des journées d’auditions sont régulièrement organisées pour permettre aux industriels volontaires de présenter leur portefeuille de produits ou services ainsi que leurs développements en cours. Ils peuvent ainsi :

1) se porter candidat pour l’établissement de partenariat d’innovation,

2) discuter de leur positionnement stratégique vis à vis du plan et obtenir des conseils,

3) avoir une communication régulière  sur les enjeux du plan vers l’industrie.

  • Soutien aux partenariats publics-privés et des consortia portant sur des sujets innovants

Au vu de l’état de l’art et des perspectives d’innovation des acteurs industriels de la filière en devenir, le CRefIX propose à la gouvernance du plan France médecine génomique 2025 des sujets sur lesquels un partenariat public-privé permettrait de développer des innovations.

Le CRefIX identifie les partenaires industriels potentiels, soit en lançant un appel à manifestation d’intérêt, soit en contactant directement les industriels identifiés lors de son travail de veille.

Il organise les discussions pour mettre en place des consortia afin de déposer des projets innovants auprès de guichets de « type Piave ».

  • Développement de projets d’innovation

Le CRefIX peut également développer des projets d’innovation seul ou en collaboration avec des groupes académiques, pour tester des évolutions technologiques récentes ou proposer des alternatives technologiques.

Missions Centre d’expertise et de référence

Globalement, le CRefIX a un rôle d’expert au niveau du plan et peut répondre à toutes questions posées par le plan, soit directement, soit après une période d’analyse.

Le CRefIX assurera une veille, en particulier au niveau du réseau de plateformes et du CAD.

Expertise et veille

Pour recommander les procédés, protocoles et méthodes à déployer dans les plateformes de séquençage et le CAD, le CRefIX opérera une plateforme de référence.

Elle lui permettra :

  • d’identifier les points bloquants,
  • les verrous technologiques,
  • de tester des solutions,
  • d’assurer les développements technologiques nécessaires à tous les niveaux pertinents de la chaîne de soin. (1)

En s’appuyant sur ses collaborateurs (CEA, Inria, Inserm) et plus largement sur un réseau d’experts académiques, le CRefIX maintient une veille des connaissances fondamentales et académiques en lien avec le  plan France médecine génomique 2025.

Procédures et procédés standardisés

Le CRefIX recommande « la mise en place et la standardisation des procédés et protocoles qui seront déployés au sein du réseau de plateformes et du CAD. »

Indications médicales

Le CRefIX transmet des recommandations au groupe de travail pré-indications pour la sélection des premières maladies à être introduites dans le parcours de médecine génomique. Au vu de l’état de l’art, il lui indique des caractéristiques que doivent respecter les échantillons biologiques (sang, tissus) destinés aux plateformes de séquençage génomique du plan France médecine génomique 2025, afin de valider la qualité des tests diagnostics. Pour tenir compte des évolutions techniques et des connaissances, le CRefIX actualise régulièrement ces recommandations.

Structuration et gouvernance

Structure

Le CRefIX est une Unité Mixte de Service (US39 créée en début 2019) entre, le CEA, l’Inria, et l’Inserm. Il est piloté par Jean-François Deleuze, Ph.D, Habilité à Diriger  des Recherches (directeur) et Alain Viari, PhD (directeur adjoint) accompagnés par une cheffe de projet, Violette Turon, PhD et une assistante Christine Michel.

Les activités du CRefIX sont essentiellement localisées à Evry, dans des locaux du Centre national de recherche sur le génome humain (CNRGH) et le Genopole.

Financement

Les projets de R&D visant à lever des verrous technologiques identifiés par le CRefIX seront prioritairement menés au sein de consortia publics-privés. Le financement de ces projets se fera sur des guichets de type guichet PSPC.

Gouvernance

Les décisions concernant le fonctionnement interne de l’UMS (moyens, personnels, propriété intellectuelle…) sont prises au sein d’un comité des tutelles constitué de deux représentants par tutelle (CEA, Inria, Inserm) mis en place lors de la création de l’UMS.

Les décisions stratégiques concernant le CRefIX sont validées lors des comités opérationnels (COMOP), des comités de suivi ou des comités interministériels du  plan France médecine génomique 2025.

OÙ EN EST-ON ?

Établissement des référentiels et standards mis en œuvre de sur les plateformes de séquençage - janvier 2019
Convention de création du CRefIX - octobre 2018

Le CRefiX est une unité mixte de services constituée entre l’Inserm, le CEA et l’Inria. Jean-François Deleuze (Centre national de génotypage au CEA) en est le directeur. Alain Viari (Inria), le directeur adjoint.

Participation à la définition des projets pilotes du PFMG 2025 - janvier 2018

Le CRefIX se charge, en collaboration avec le CNRGH, de la réalisation des séquençages et de l’analyse bioinformatique primaire de ces projets.

Travail à la mise en œuvre des plateformes de séquençage SeqOIA et AURAGEN - janvier 2018

En particulier, organisation de réunions avec des experts académiques pour les accompagner sur la rédaction de cahiers des charges, la bio-informatique, le séquençage humide, travaux sur la standardisation des protocoles, etc.

1ère réunion du groupe de travail en vue de la création du CRefIX - janvier 2016
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