La médecine génomique appliquée aux cancers

Pourquoi déterminer les caractéristiques génétiques d’une tumeur ?

Les mécanismes à l’origine du développement et de la progression des cancers sont très divers et varient d’un patient à l’autre. Chaque tumeur possède des caractéristiques qui lui sont propres, que ce soit au niveau des cellules tumorales elles mêmes ou de leur interaction avec les cellules et organes qui les entourent.

Il n’existe pas un cancer par organe mais une multitude de sous-types de cancers caractérisés chacun par des anomalies particulières. Une meilleure connaissance de ces anomalies, en particulier au niveau de l’ADN des cellules tumorales (les gènes de la tumeur), et de leurs conséquences sur les mécanismes de développement des cancers, a permis de mettre en place de nouveaux traitements qui conduisent à la destruction spécifique des cellules tumorales.

La médecine de précision, fondée sur ces derniers acquis de la recherche en génomique, a pour
objectif de proposer au patient un traitement adapté aux caractéristiques génétiques de sa tumeur (une thérapie ciblée ou un traitement adapté), s’il existe. Il ne remplace pas les traitements déjà en place mais vient les compléter, lorsqu’ils sont peu ou pas assez efficaces.

En quoi consiste l’examen des caractéristiques génétiques d’une tumeur ?

Il consiste à séquencer (c’est-à-dire décoder) l’ADN acide désoxyribonucléique – et l’ARN – acide ribonucléique – qui se trouvent dans les cellules tumorales et sera effectué à partir d’un fragment de votre tumeur.

Lors du diagnostic et au cours de votre suivi, des prélèvements de sang, de cellules, de liquides ou de tissus ont été réalisés. Ces prélèvements sont conservés pendant plusieurs années et peuvent être utilisés pour établir le profil génétique de votre tumeur.

Il pourra cependant être nécessaire de réaliser une nouvelle biopsie. Le médecin en discutera alors avec vous et demandera votre accord.

Qu’est-ce que l’ADN, un gène, un génome, un exome ?

Le corps humain est composé de milliards de cellules. Tout le matériel génétique d’un individu constitue son génome. Le génome, localisé dans le noyau de la plupart des cellules du corps humain est totalement spécifique à chaque individu. Personne dans le monde n’a un génome identique au vôtre (sauf si vous avez un frère ou une sœur jumeau véritable).

Le génome est l’ensemble de l’ADN qui constitue nos chromosomes. L’ADN s’écrit à l’aide d’un alphabet de quatre lettres A T G C (A pour Adénine, C pour cytosine, T pour thymine et G pour guanine). La séquence d’ADN, ou séquence génétique, forme « le plan détaillé » contenant toutes les informations nécessaires au développement et au fonctionnement du corps. Composé de plus de 3 milliards de lettres, le génome d’une personne remplirait l’équivalent de 400 dictionnaires.

Un gène est un fragment de ce génome. Il correspond à une information génétique particulière qui aboutit à la production dans la cellule d’un composant nécessaire à son fonctionnement : une protéine. On dénombre environ 20 000 gènes codant des protéines. Chaque protéine a une fonction différente. Par exemple, l’hémoglobine est la protéine qui sert à transporter l’oxygène dans le sang. D’autres protéines encore interviennent pour définir la couleur des yeux.

Les gènes eux-mêmes sont notamment composés par les exons qui sont le véritable « plan de construction » de la protéine pour laquelle code le gène. L’ensemble des exons du génome est appelé exome. Bien qu’il représente moins de 1 % du génome, c’est dans l’exome que se retrouve la majorité des variations connues pour être responsables des maladies rares. Le reste du génome est dit non codant.

Que sont les caractéristiques génétiques d’une tumeur ?

Une tumeur se développe à la suite d’une multiplication et d’une prolifération non contrôlée de certaines cellules. Ces dysfonctionnements résultent d’une accumulation d’erreurs au sein de leur ADN. Ces erreurs, anomalies ou altérations moléculaires, peuvent entraîner des perturbations au sein des cellules et de leur environnement menant au développement, à la croissance et/ou à la propagation de la tumeur.

Ces anomalies peuvent se présenter sous la forme de :

Ces anomalies apparaissent, pour la plupart, dans les cellules tumorales au cours du développement de la maladie et ne sont pas retrouvées dans les autres cellules « normales » du corps. Elles ne sont donc pas héréditaires. Néanmoins, certaines font partie du patrimoine génétique du patient et peuvent être transmises à la génération suivante.

Qu’est-ce que le séquençage du génome / exome ?

L’examen génétique qui vous est proposé consiste à lire l’ADN et l’ARN de votre tumeur ainsi que l’ADN de votre patrimoine génétique : on parle de séquençage. Il peut porter sur l’ensemble des exons (exome
complet) ou de l’ADN (génome complet).

Le résultat d’un séquençage se présente sous la forme d’une succession des quatre lettres constitutives de la molécule d’ADN, A T G et C.

Bien que la lecture d’un exome ou d’un génome complet soit aujourd’hui possible, son interprétation reste difficile et limitée aux connaissances actuelles. Les grandes quantités de données produites par ces nouvelles technologies sont analysées grâce à des outils informatiques puissants, combinés à l’expertise de bioinformaticiens, de biologistes généticiens et de généticiens cliniciens.

Etant donné le grand nombre d’anomalies moléculaires présentes dans les tumeurs, il n’est pas facile d’identifier celles qui ont un impact réel sur le développement de la maladie. Par ailleurs, il n’existe pas encore aujourd’hui de traitements disponibles pour chacune des anomalies moléculaires qui peuvent être identifiées au sein d’une tumeur.

Quels sont les résultats possibles de l’examen génétique ?

En plus du séquençage de votre tumeur, il est également nécessaire d’effectuer le séquençage de votre patrimoine génétique (à partir d’un prélèvement sanguin) pour mieux comprendre les caractéristiques génétiques de votre tumeur et déterminer le traitement le plus adapté à votre cancer.

Le séquençage de votre patrimoine génétique (on parle de caractéristiques génétiques constitutionnelles) peut permettre de déceler la présence de facteurs qui augmentent le risque de survenue de cancers par rapport au risque moyen de la population générale.

Ces anomalies existaient avant la formation de la tumeur. Elles peuvent avoir été héritées et sont transmissibles à la descendance. D’autres membres de votre famille peuvent donc être concernés

Ainsi, l’examen génétique peut permettre de détecter des anomalies moléculaires dans votre tumeur et éventuellement dans votre patrimoine génétique. Vous pouvez choisir de connaître l’ensemble des résultats de l’examen génétique ou une partie seulement.

La prise en charge que votre médecin vous proposera sera fonction des anomalies identifiées :

Anomalies dans la tumeur

En fonction des anomalies moléculaires identifiées lors du séquençage de votre tumeur, deux types de
prise en charge peuvent être envisagés :

Anomalies dans le patrimoine génétique

Si des variations génétiques héritables pouvant expliquer la survenue de votre cancer sont
identifiées, et si vous avez donné votre accord pour connaitre les résultats :

Dois-je informer ma famille et comment ?

Si l’on découvre que vous êtes porteur d’une anomalie génétique, d’autres membres de votre famille sont susceptibles de l’être également.

En effet, le patrimoine génétique, hérité des parents, est en partie partagé par différents
membres d’une même famille (frère, sœur, cousin, cousine, oncle, tante…).

Si les conséquences de cette anomalie génétique peuvent être graves et sont susceptibles de mesures de prévention ou de soins, la loi impose d’informer les membres de votre famille, aussi appelés « la parentèle ».

Ils pourront alors rencontrer en consultation un médecin généticien qui les conseillera sur
l’opportunité d’effectuer un examen génétique. Le résultat de l’examen conduira à adapter, au besoin,
le suivi médical de cette personne.

C’est le rôle du médecin prescripteur ou du conseiller en génétique de définir qui, dans la famille, présente ou non un risque d’être porteur d’une anomalie génétique familiale. Ce risque est évalué en tenant compte de l’anomalie génétique et du degré de parenté.

Qui informe la famille ? Quels membres de la famille ?

Si on vous diagnostique une anomalie génétique héréditaire pouvant être la cause d’une affection
grave (en lien ou non avec la maladie pour laquelle vous êtes venu(e) consulter), pour laquelle il existe des mesures de prévention, y compris de conseil génétique ou de soins, vous pourrez en informer directement les membres concernés de votre famille. Si vous ne souhaitez pas le faire, vous pouvez demander au médecin de les informer pour vous.

Ce choix est fait lors de la signature du formulaire de consentement.

Si vous choisissez de les informer vous-même, votre médecin ou votre conseiller en génétique peut vous aider, par exemple à l’aide d’un document expliquant la maladie et son mode d’hérédité. Si vous en ressentez le besoin, un psychologue pourra aussi vous accompagner dans cette démarche. Enfin, les coordonnées d’associations de malades peuvent vous être utiles pour échanger et bénéficier de leur expérience. Votre médecin pourra vous orienter.

Si vous demandez à votre médecin de procéder à cette information, il enverra aux membres de votre famille une lettre qui ne mentionnera ni votre identité, ni le diagnostic de la maladie, mais qui recommandera de prendre rendez-vous pour une consultation de génétique.

Cette solution, qui permet d’aider certaines familles, n’est toutefois pas la plus appropriée, la communication familiale étant à favoriser.

Si vous refusez que l’information soit transmise par vous-même ou par votre médecin, votre
responsabilité civile pourrait être engagée.

En effet, les membres de votre famille concernés, n’ayant pu prendre de disposition pour bénéficier de soins appropriés, pourraient demander réparation du préjudice subi.

Il est par ailleurs prévu que :

Quelles sont les possibles utilisations ultérieures des échantillons biologiques et des données issues de cet examen ?

Echantillons biologiques

Grâce à l’évolution des techniques de séquençage, la quantité de matériel biologique (nombre de cellules) nécessaire à la réalisation de l’examen est de plus en plus minime. Il se peut donc qu’une partie de l’échantillon prélevé (sang ou autre) soit encore disponible et puisse être réutilisée.

Vous pouvez, à travers le formulaire de consentement, accepter ou vous opposer à cette conservation.

Si vous acceptez, la loi prévoit que cet échantillon peut être réutilisé :

Données

De même, les données issues de l’examen génétique (la séquence de votre exome ou de votre génome) sont des données sensibles pour lesquelles une législation particulière s’applique :

Si vous en acceptez le principe, vos données pourront être communiquées à d’autres équipes de recherche, privées ou publiques, nationales ou internationales dans le cadre de recherches préalablement autorisées et encadrées selon des garanties appropriées et adaptées assurant leur confidentialité et prévues dans un/une contrat/convention de partage entre l’Inserm et le(s) destinataire(s) des données.

Vous pouvez librement, et à tout moment, sans conséquence pour votre prise en charge médicale, vous opposer à cette utilisation ultérieure à but de recherche, en vous adressant à votre médecin.

Vous trouverez l’ensemble des informations nécessaires, spécifiques à ces projets ici.

Vous disposez du droit d’obtenir une copie des documents liés au transfert de vos données et serez informé de la finalité de tout nouveau traitement au moment opportun sur cette page.