Foire aux questions – Maladies rares, oncogénétiques et cancers

Parcours de soins et modalités de prescription d’un STHD sur les laboratoires PFMG AURAGEN et SeqOIA pour les maladies rares et l’oncogénétique constitutionnelle.

Cette FAQ a pour objectif de répondre aux questions que vous vous posez sur le parcours de soins et les modalités de prescriptions d’un séquençage à très haut débit (STHD) sur les laboratoires AURAGEN et SeqOIA. Si vous n’y trouviez pas les réponses à vos questions, contactez-nous à l’adresse : contact.pfmg2025@aviesan.fr. Vous trouverez également des réponses à vos questions sur les sites internet des laboratoires AURAGEN et SeqOIA :

> AURAGEN : https://www.auragen.fr/la-plateforme-auragen/consortium/lbmms/

> SeqOIA : https://laboratoire-seqoia.fr/le-laboratoire/

PRE-INDICATIONS

Qu’est-ce qu’une pré-indication ?

Une pré-indication est une indication préliminaire, validée par le groupe de travail 6 (GT6) du PFMG2025. Chaque pré-indication retenue a vocation à être évaluée dans un 2ème temps par la HAS en vue de son inscription à la nomenclature.

Quelles sont les pré-indications pour lesquelles il est possible de prescrire un STHD ?

A ce jour, il est possible de prescrire un STHD pour :

– des pré-indications maladies rares

– des pré-indications oncogénétique

– des pré-indications cancer

Pour chaque pré-indication, une page web dédiée est disponible détaillant les critères d’éligibilité des patients à la pré-indication et l’arbre décisionnel de recours au STHD. Voir la liste détaillée : https://pfmg2025.aviesan.fr/professionnels/preindications-et-mise-en-place/

Quel est le circuit de prescription pour les laboratoires AURAGEN et SeqOIA ?

RCP-FMG D’AMONT

Qu’est qu’une RCP-FMG d’amont ?

Les RCP-FMG d’amont sont des Réunions de Concertation Pluridisciplinaires du PFMG, qui devront valider l’indication médicale, ainsi que les conditions de réalisation (apparentés à prélever, …), pour la prescription des analyses de STHD réalisées par les laboratoires AURAGEN et SeqOIA, en accord avec les préindications déterminées par la HAS et en lien étroit avec les FSMR et le GGC.

Comment déclarer une RCP-FMG d’amont auprès des laboratoires AURAGEN et SeqOIA ?

L’enregistrement d’une RCP auprès des laboratoires AURAGEN et SeqOIA s’effectue à l’aide d’un formulaire dédié. Dans ce formulaire, doivent être indiqués notamment : le nom de la pré-indication, les noms de la RCP, et les coordonnées (nom, prénom, mail, spécialité, rôle dans la RCP, n°RPPS) des coordonnateurs, coordonnateurs suppléants et des prescripteurs. Les adresses mail renseignées devront être exclusivement celles d’établissements de santé. Ce document est fourni par la filière de rattachement ou le GGC, à partir du document type établi par le PFMG2025. Ce formulaire doit être renvoyé à l’équipe de coordination de PFMG2025 à l’adresse mail contact.pfmg2025@aviesan.fr, qui le transmettra aux équipes des laboratoires AURAGEN et SeqOIA, après vérification de sa conformité.

Comment ajouter/supprimer des prescripteurs à la RCP d’amont ?

Il est nécessaire de faire mettre à jour le formulaire de RCP d’amont. Seul le(s) coordonnateur(s) de RCP peut(vent) effectuer une demande de mise à jour tous les 2 à 3 mois à l’adresse mail suivante : contact.pfmg2025@aviesan.fr.

Quel est le rôle d’un coordonnateur ou d’un coordonnateur suppléant d’une RCP d’amont dans les outils d’e-prescription?

Le coordonnateur, ou le coordonnateur suppléant, d’une RCP d’amont a pour rôle de valider informatiquement, dans l’outil de e-prescription, la demande de prescription pour chaque patient dont le dossier a été validé lors de la RCP d’amont. Cette validation est effectuée dans le dossier du patient saisi dans l’outil de e-prescription. Cette validation est effectuée dans le dossier du patient saisi dans l’outil de e-prescription. Cette validation s’effectue avec un compte dédié de coordonnateur de RCP. Ce compte permet de voir les patients dont les dossiers ont été validés en RCP d’amont, et de valider la demande de prescription dans l’outil. Cette étape est indispensable pour que la prescription puisse être finalisée par le clinicien. Les utilisateurs ayant la responsabilité de prescripteur et de coordonnateur de RCP peuvent donc se connecter avec 2 fonctions différentes.

– AURAGEN : avec deux comptes différents dans HYGEN

– SeqOIA : avec un compte unique mais en choisissant leur fonction lors de leur connexion dans SPICE, à moins que le prescripteur ne soit rattaché à 2 RCP différentes avec des rôles différents.

Ils doivent changer de compte/connexion selon l’action réalisée, ils ne peuvent prescrire et valider avec le même compte/connexion.

Voir la procédure pour AURAGEN : http://hygentuto.auragen.eu/

Voir la procédure pour SeQOIA : https://spice.aphp.fr

Pour les RCP nationales et régionales/interrégionales, dont le territoire géographique couvre les 2 plateformes, les coordonnateurs et coordonnateurs suppléants ont 2 comptes coordonnateurs (le premier sur HYGEN et le second sur SPICE) pour valider les demandes de prescription sur les deux plateformes.

Qui peut être coordonnateur ou coordonnateur suppléant d’une RCP d’amont ?  Biologiste ou clinicien, les deux ?

Le coordonnateur d’une RCP d’amont est en général un clinicien. Les coordonnateurs suppléants peuvent être cliniciens ou biologistes. Leur statut est indiqué dans chaque tableau PFMG de déclaration des membres d’une RCP d’amont.

PRESCRIPTION

Qui peut prescrire sur les laboratoires AURAGEN et SeqOIA ?

Tout médecin qui :

• fait partie d’un établissement de santé, privé ou public,

et

• est rattaché à un CCMR, CRMR

ou

• est habilité par une RCP  (pour cela, se rapprocher du responsable de la RCP)

Comment prescrire sur les laboratoires AURAGEN et SeqOIA ?

La prescription sur les laboratoires AURAGEN et SeqOIA s’effectue à l’aide des outils d’e-prescription HYGEN pour le laboratoire AURAGEN et SPICE pour le laboratoire SeqOIA. Il est pour cela nécessaire d’avoir un compte prescripteur en ligne sur l’un des deux laboratoire. Ce compte permet de créer les prescriptions pour ses patients et de suivre le processus sur les laboratoires.

Voir la procédure pour AURAGEN : http://hygentuto.auragen.eu/

Voir la procédure pour SeqOIA : https://laboratoire-seqoia.fr/nos-activites/ et contact SeqOIA spice-prescription@bioinfo.aphp.fr

Sous quels navigateurs les logiciels d’e-prescription sont-ils accessibles ?

> SeqOIA : logiciel SPICE (https://spice.aphp.fr) : Chrome ou Firefox (pas Internet Explorer) 

> AURAGEN : logiciel HYGEN (https://hygen.auragen.fr/) ; Chrome

Comme tout prescripteur doit être rattaché à une RCP d’amont, vous devez contacter le responsable de RCP à laquelle vous souhaitez être rattaché, qui informera les équipes d’AURAGEN ou de SeqOIA. Celles-ci vous contacteront pour créer votre compte prescripteur.

Le consentement est-il rétroactif ? Est-il possible d’utiliser un consentement précédemment signé pour étude génétique ?

Seuls les consentements PFMG2025 doivent être utilisés. Il n’est pas possible d’utiliser un consentement précédemment signé pour étude génétique s’il ne s’agit pas d’un consentement PFMG2025.

Voir les différents consentements : https://pfmg2025.aviesan.fr/professionnels/consentements-et-notices-dinformation/

Sur quel laboratoire puis-je prescrire ? AURAGEN ou SeqOIA ?

Chaque laboratoire correspond à un territoire de prescription selon la répartition géographique ci-dessous. Vous prescrivez en fonction de la localisation du médecin prescripteur du cas index (dont mineurs et fœtus décédés).

Comment puis-je prescrire à partir de l’Outre-Mer?

La prescription s’effectue selon les différentes étapes d’une prescription de STHD. Le STHD est effectué par le laboratoire AURAGEN. Il est nécessaire de s’organiser avec le circuit préexistant d’envoi des prélèvements et d’en discuter avec l’équipe de le laboratoire AURAGEN

Contact: Sandrine BOYAULT : sandrine.boyault@lyon.unicancer.fr

Comment puis-je prescrire un STHD chez un fœtus ?

Le STHD peut actuellement être prescrit chez un fœtus décédé après examen fœtopathologique. Un document de recommandations est disponible (mettre le lien vers le doc de reco PFMG). Le fœtus étant considéré comme le cas index, une procédure dédiée est disponible :

Voir les procédures dédiées pour SeqOIA : https://laboratoire-seqoia.fr/notre-documentation/

Pour AURAGEN, contacter le laboratoire pour avoir la procédure : secretariat@auragen.fr

Le STHD ne peut actuellement pas être prescrit au cours d’une grossesse (pas d’analyse ADN ou cellules issues de ponctions anténatales de trophoblastes, liquide amniotique ou sang fœtal).

Quelles sont les différentes étapes d’une prescription de STHD pour les maladies rares et l’oncogénétique constitutionnelle, jusqu’à l’envoi des échantillons sur les plateformes AURAGEN et SeqOIA ?

L’analyse par trio est-elle obligatoire pour les patients atteints de maladies rares ?

L’analyse par trio n’est pas obligatoire mais doit être privilégiée systématiquement*

* – Pour les enfants (<18 ans), trio avec prélèvements parentaux obligatoire, à l’exception des enfants adoptés, de parent(s) décédés, ou de couple mono/homoparental pour lesquels une analyse en solo ou en duo pourra être réalisée.

– Pour les fœtus décédés

– Pour les adultes (>18 ans):

• Trio avec prélèvements parentaux systématiquement privilégié pour les maladies sporadiques
• Formes familiales (jusqu’à 4 échantillons possibles)

Comment dois-je procéder si je veux faire séquencer des apparentés non suivis dans la même ville que le cas index ?

La dépendance à une plateforme est liée au lieu de consultation du médecin prescripteur du cas index. En cas de prélèvement d’un apparenté n’habitant pas sur le territoire géographique de la plateforme dont dépend le cas index, prendre contact avec les plateformes pour l’acheminement. Une procédure dédiée est mise en place pour chaque plateforme vous sera alors transmise.

A quoi sert le numéro de téléphone demandé sur la liste des prescripteurs ?

> Pour la plateforme AURAGEN, il n’est pas requis.

> Pour la plateforme SeqOIA, il vous permet de recevoir le code de sécurité (mot de passe à usage unique) par SMS (en plus de l’envoi par mail déjà en vigueur).

Qui valide la demande de prescription ?

Le responsable de la RCP est le valideur ; un suppléant peut être désigné par le responsable de la RCP. Ceci engage la responsabilité de la personne.

PRÉLÈVEMENTS

Peut-on utiliser des prélèvements fixés pour la fœtopathologie?

Seuls les échantillons frais ou congelés peuvent être utilisés pour le STHD. L’inclusion en paraffine dégrade les acides nucléiques ADN. Le formaldéhyde présent dans la solution s’attache à l’ADN et, lors du séquençage, on note une augmentation de transition A vers T artéfactuelle.

La quantité d’ADN demandée pour les fœtus est-elle la même pour les 2 plateformes ?

La quantité est fixée par l’analyse réalisée indépendamment de l’indication. 

WGS : 2 microgrammes DIN ≥ 7. La qualité est le facteur limitant, plus que la quantité.

Quelle est la quantité de sang nécessaire ?

– SeqOIA : entre 3 et 6 ml sur EDTA pour les adultes et enfants de plus de 1 an ; entre 1 et 3 ml pour les enfants de moins de 1 an.

– AURAGEN : 2 ml sur EDTA pour les adultes, 1ml pour les enfants, et entre 0.5 et 1 ml pour les enfants de moins de 1 an.

Où ont sont effectuées les étapes d’extraction d’ADN ?

> Au niveau du LBMMS SeqOIA : Voir les procédures et formulaires dédiés pour SeqOIA : https://laboratoire-seqoia.fr/notre-documentation/

> Au niveau du LBMMS AURAGEN : extraction au sein du laboratoire.

Les plateformes AURAGEN et SeqOIA reçoivent des échantillons de sang. A titre exceptionnel, elles peuvent être amenées à recevoir de l’ADN déjà extrait (principalement pour les fœtus et les mineurs décédés) mais seulement après accord préalable (contacter SeqOIA ou AURAGEN).

TRANSPORT ET ACHEMINEMENT DES ÉCHANTILLONS

Une procédure dédiée a été élaborée par les plateformes AURAGEN et SeqOIA :

> AURAGEN : https://hygentuto.auragen.fr/Portals/0/Doc-ressources/Consignes_prelevements_MR.pdf.
> SeqOIA : https://laboratoire-seqoia.fr/wp-content/uploads/2020/03/SeqOIA-PRE-IT-002-01-Demande-de-création-dun-compte-BioLogitic.pdf

ANALYSE DE SEQUENCAGE A TRES HAUT DEBIT (STHD)

Quel type de STHD est réalisé sur les plateformes AURAGEN et SeqOIA ?

WGS constitutionnel à 30X    

Quels types des variations génomiques sont rendues par les plateformes pour les maladies rares ?

SNV, INDELs. Les CNV et SV au cours du 1^er semestre 2020

Quels sont les biologistes qui réalisent l’interprétation des données de STHD issues des plateformes SeqOIA et AURAGEN ?

Pour la génétique constitutionnelle, l’interprétation des données de STHD est effectuée par un biologiste agréé par l’Agence de la Biomédecine. Il s’agit actuellement de biologistes internes des LBMMS AURAGEN et SeqOIA. A terme, des biologistes experts extérieurs seront sollicités par les deux plateformes. Les modalités opérationnelles sont en cours d’élaboration par un Groupe de Travail dédié piloté par le Ministère de la Santé et des Solidarités.

Quelles formations sont disponibles pour l’interprétation ?

Pour l’interprétation, des formations sont organisées par les plateformes AURAGEN et SeqOIA :

 > AURAGEN : https://www.auragen.fr

> SeqOIA : formations dédiées en présentiel d’une ½ journée, contacter la plateforme

Une confirmation par séquençage Sanger est-elle réalisée avant de lancer une étude familiale ?

Les plateformes AURAGEN et SeqOIA ne réalisent pas la confirmation par séquençage Sanger. Elles peuvent envoyer l’ADN du cas index au laboratoire de génétique moléculaire de proximité ou référent pour la pathologie qui effectuera l’étude familiale.

Un biologiste expert peut-il l’être pour les deux plateformes ?

Un biologiste expert peut être sollicité par les deux plateformes. Il devra alors être habilité pour utiliser les outils des 2 plateformes.

Une campagne de validation inter-plateformes est-elle prévue pour homogénéiser les résultats entre plateformes, de même qu’un contrôle qualité interlaboratoires ?

Les plateformes AURAGEN et SeqOIA étant des laboratoires de biologie médicale, elles suivent les règles de qualité propres aux exigences des LBM, avec un contrôle qualité interlaboratoires.