Parmi les outils développés dans le cadre du PFMG2025, le Collecteur Analyseur de Données (CAD) jouera un rôle central.
Il a pour ambition de fournir une infrastructure de collecte des données génomiques et de mise à disposition de services dans le respect du consentement des patients ; en premier lieu sur le volet du soin pour aider les praticiens à interpréter ces données, ensuite sur le volet de la recherche pour offrir à la communauté de chercheurs la possibilité de mener des études sur les données collectées dans le cadre du soin.
Actuellement en cours de mise en œuvre, le CAD offrira une puissance de calcul intensif adaptée inédite à ce jour, un éventail de services informatiques, un accès à des bases de connaissances multiples et une capacité de stockage qui atteindra progressivement quelques dizaines de pétaoctets (Po).
Il sera hébergé dans 2 des 4 centres de calcul nationaux: le Centre Informatique National de l’Enseignement Supérieur, à Montpellier, et le Très Grand Centre de Calcul du CEA, en Ile-de-France. Le CAD reposera sur un principe d’accès aux données dans des « bulles sécurisées », excluant la possibilité de copie ou d’extraction des données non analysées.
Totalement lié aux autres outils du PFMG2025, il sera alimenté en continu par les LBM-FMG, AURAGEN et SeqOIA, et recevra également les données provenant des quatre projets pilotes du plan France médecine génomique 2025 : MULTIPLI dans le domaine du cancer, DEFIDIAG ciblant une catégorie de maladies rares, GLUCOGEN dans une maladie commune (diabète) et POPGEN sur la population générale.
Ce travail a bénéficié d’une aide de l’Etat gérée par l’Agence Nationale de la Recherche au titre du Programme d’Investissments d’Avenir portant la référence ANR-21-ESRE-0001.
Dans le domaine du soin, le CAD offrira des services de recours pour l’interprétation des examens pangénomiques réalisés par les LBM-FMG ainsi que de réanalyse des données du PFMG2025 dans le cadre de la démarche diagnostique.
Dans le domaine de la recherche, le CAD permettra la réutilisation des données FMG en mettant à disposition dans des bulles sécurisées :
- des jeux de données générées dans le cadre du PFMG2025 ;
- des données issues de bases de données externes hébergées au CAD ;
- une capacité de calcul ;
- et des outils d’analyse.
Les chercheurs auront par ailleurs la capacité d’importer dans ces bulles sécurisées :
- des données propres aux équipes de recherche
- des outils propres aux équipes de recherche pour analyser les données
Un Comité Scientifique et Ethique (CSE) est en charge de valider les projets de recherche qui pourront réutiliser les données issues du PFMG2025, selon des modalités présentées ici.
OÙ EN EST-ON ?
En lien avec la direction générale et les collaborateurs du CAD, la personne en charge de la démocratie en santé anime cette thématique au sein du CAD. Elle propose et assure la démarche visant à associer usagers, professionnels et décideurs publics dans l’élaboration et la mise en œuvre de la politique du CAD.
Pour postuler, envoyez votre CV et votre lettre de motivation à l’adresse suivante : recrutement@genomecad.fr
Le Responsable de la Sécurité des Systèmes d’Information a pour mission la gestion du SI de l’institut, dont le premier sera opérationnel en 2024, le deuxième temporaire pour des projets de recherche en collaboration avec l’Inserm et le troisième définitif pour l’intégration et l’exploitation des données de génomique. Ses actions sont transversales et liées au dialogue avec les partenaires, notamment la CNIL, assurant le respect des référentiels de sécurité, la conformité au RGPD, et la sensibilisation des collaborateurs.
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L’Architecte Infrastructure, intégré à la Direction des Systèmes d’Information du CAD, coordonne le développement de systèmes d’information, dont un système temporaire pour la recherche en génomique et un système définitif pour l’intégration des données, en collaboration avec le chief data officer et le RSSI. Il assure le lien avec les collaborateurs internes et externes, porteurs des besoins et contraintes juridiques.
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Le Chief Data Officer joue un rôle clé dans le développement de la gestion des données, en mettant en place une vision transversale, de la gouvernance à l’intégrité des données. Avec 3 systèmes en cours de développement, le Chief Data Officer se concentre sur les aspects fonctionnels et coordonne les travaux opérationnels tout au long du cycle de vie des données, de la collecte à leur exposition dans des projets de recherche.
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Le/la Directeur/directrice des Systèmes d’Information dirige les systèmes d’information nécessaires au bon fonctionnement du CAD et à la réalisation de ses missions. Le CAD étant une nouvelle structure, la personne doit s’attacher d’une part à mettre en place le système d’information dédié au fonctionnement interne du CAD et d’autre part à développer l’infrastructure pouvant accueillir et exploiter les données de génétique moléculaire.
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Philippe-Jean Bousquet a pris ses fonctions le 11 Décembre en tant que Directeur Général du CAD. Il était jusqu’à présent en poste à l’INCa, en tant que Directeur de la Direction de l’Observation des Sciences des Données et de l’Evaluation. Il était en charge notamment d’une plateforme de données qui regroupe un certain nombre de sources d’informations, notamment les données du SNDS et du Dossier Communicant en Cancérologie. Il était impliqué dans les sujets d’interopérabilité des systèmes d’information, notamment les comptes-rendus de génétique moléculaire.
Sa mission principale sera d’accompagner, les équipes de recherche dans la spécification technique des environnements logiciels d’analyse bioinformatique et d’opérer leur déploiement au sein de bulles sécurisées en interaction étroite avec l’équipe opératrice de l’infrastructure du CAD.
Pour postuler, envoyez votre CV et votre lettre de motivation à l’adresse suivante : contact.pfmg2025@aviesan.fr
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Data manager pour la médecine génomique
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Ingénieur DevOps, conception et déploiement d’environnements logiciels pour la recherche en médecine génomique
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Chargé de projet en bioinformatique pour la médecine génomique
Pour postuler, envoyez votre CV et votre lettre de motivation à l’adresse suivante : contact.pfmg2025@aviesan.fr
Le Directeur Général fait partie de l’équipe de direction du GIP CAD (Président, Vice-Présidente, Directeur Général Délégué).
Le Directeur Général assure le fonctionnement du GIP sous l’autorité du Président de l’AG qui lui délègue les missions comme la mise en place du groupement d’intérêt public (recrutement, mise en place des équipes et de son fonctionnement), de concevoir, suivre et mettre en œuvre des programmes et actions portés par le GIP, en étroite relation avec les membres fondateurs du GIP. Il dirige, dans les conditions fixées par l’AG l’ensemble des activités relatives au fonctionnement du groupement, à sa gestion et au recrutement des personnels.
Le Directeur Général pilote le budget du groupement, il veille à la diversification des sources de financement et accompagne le GIP dans la gestion de son modèle économique. Il représente le CAD au niveau national et international et assure le management de l’ensemble des collaborateurs du GIP.
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Une nouvelle étape a été franchie récemment pour le CAD : la publication du groupement d’intérêt public « Collecteur Analyseur de Données » au Journal Officiel.
La première assemblée générale du GIP va réunir prochainement les 9 membres fondateurs (l’Etat (MESR et MSP), Auragen, SeqOIA, le CEA, France Universités, la Conférence des DG de CHU, l’Inria, l’Inserm, Unicancer), ce qui permettra d’accélérer sa mise en œuvre.
Les prochaines dates de réunion du CSE ont été définies et sont disponibles sur le site, ainsi que les dates limites de dépôt des demandes d’accès aux données.
Le Comité Scientifique et Ethique (CSE) du CAD se met en place. Il sera en charge de s’assurer que les projets de recherche ayant accès aux données respectent des critères spécifiques. Une procédure a été rédigée dans ce cadre et le guichet d’accompagnement d’accès aux données du PFMG2025 vient d’ouvrir pour expliquer et faciliter les démarches.
Des groupes de travail sont lancés pour organiser la mise en place du CAD :
- GT gouvernance et modèle économique du CAD
- GT modèle technique du CAD soin et du CAD recherche
- GT mise en place du Comité Scientifique et Éthique (CSE)
Un travail global de définition de l’outil, une analyse des besoins fonctionnels auprès des futurs utilisateurs et une étude de préfiguration ont été réalisés.