#8 – Octobre 2022

Dans le cadre du PFMG2025, 70 préindications ont été définies dans le champ des maladies rares, de l’oncogénétique et de la cancérologie afin de permettre un accès équitable au séquençage à très haut débit au sein d’un parcours de soins structuré. En 2020, la DGOS a financé pour une première année 24 postes d’assistants de prescription au travers de financements du Plan National Maladies Rares 3, dans l’objectif de faciliter les prescriptions des examens pangénomiques pour les maladies rares. En 2022, la DGOS étend cette mesure en finançant 51 postes de chargés de parcours génomique, pour toutes les préindications du PFMG2025 et pour une durée de 3 ans. Afin de mieux refléter l’étendue de leurs missions, les assistants de prescription changent de nom pour devenir des chargés de parcours génomique.

Répartition prévue en 2022 des postes de chargés de parcours génomique sur le territoire

Réparti(e)s sur l’ensemble du territoire, les chargé(e)s de parcours génomique auront pour mission de former et d’accompagner les prescripteurs des établissements de santé de leur périmètre géographique, de contribuer à mettre en en place au niveau local, puis à fluidifier, les parcours de soins des différentes préindications.

Ces postes ont vocation à être polyvalents pour l’ensemble des préindications. Néanmoins, dans les villes où plusieurs chargé(e)s de parcours génomique seront recruté(e)s, les postes auront une valence dans le champ des maladies rares ou des cancers et de l’oncogénétique. En fonction de cette répartition, les chargé(e)s de parcours génomique seront épaulés par un ou deux référents dans le champ des maladies rares et/ou des cancers. Les chargé(e)s de parcours génomique en poste dans une région devront veiller à ce que l’ensemble des établissements de santé concernés soit couvert, afin d’assurer une équité territoriale d’accès au séquençage à très haut débit pour tous les patients qui en ont besoin. Les financements seront versés par le GCS AURAGEN ou le GCS SeqOIA dans le cadre d’une convention établie avec l’établissement de santé en charge du recrutement. Un suivi annuel de l’activité des chargés de parcours génomique sera effectué par l’équipe de coordination du PFMG2025 et la DGOS. Vous pouvez retrouver la liste des chargés de parcours génomique sur le site internet du PFMG. Pour mettre à jour cette liste (départ et arrivée de nouvelles personnes), veuillez contacter le PFMG à cette adresse : contact.pfmg2025@aviesan.fr

Madame P. est une femme de 34 ans lors de la première prise en charge, où lui est diagnostiqué un cancer du sein gauche de 6 cm. La microbiopsie pose le diagnostic histologique de carcinome canalaire invasif, exprimant à la fois le récepteur à l’estradiol (RE+) et à la progestérone (RP+), surexprimant HER2, avec un index de prolifération Ki67 à 30%. Elle n’a pas d’antécédent familial de cancer, et est porteuse d’un syndrome d’Ehlers-Danlos. Malgré son jeune âge, aucune mutation germinale n’est alors identifiée dans un panel de gènes prédisposant au cancer du sein. Dans ce contexte de cancer localement évolué, elle reçoit une chimiothérapie néoadjuvante à base d’anti-HER2, suivie d’une mastectomie totale et d’une radiothérapie de la paroi thoracique. Le trastuzumab est ensuite maintenu pendant un an, et elle reçoit une hormonothérapie pendant une durée totale de cinq ans. Six ans après cette prise en charge du cancer du sein et à la fin de la radiothérapie, elle rapporte des douleurs intenses et continues de la paroi thoracique gauche, d’aggravation progressive. L’examen clinique est peu contributif sur une paroi très indurée, post-radique et dans le contexte du syndrome d’Ehlers-Danlos. Une imagerie par TEP met en évidence une masse hypermétabolique de 10 cm (panel de gauche). Une biopsie de la masse pose alors le diagnostic d’ostéosarcome de haut grade. La patiente reçoit, dès le diagnostic, une combinaison de chimiothérapie par doxorubicine, ifosfamide et cisplatine, permettant une sédation très rapide des douleurs et une excellente réponse partielle métabolique après 5 cycles (panel du milieu). Parallèlement à cette chimiothérapie, un séquençage de l’ADN constitutionnel et de l’ADN tumoral sont effectués par le laboratoire SeqOIA. En raison de la mauvaise qualité des acides nucléiques, l’analyse RNAseq ne peut être effectuée. Le séquençage tumoral retrouve une faible charge mutationnelle avec 2 mutations/mégabase, associée à une signature mutationnelle SBS3 de déficit de recombinaison homologue (HRD), et plusieurs événements spécifiques d’un déficit HRD. En particulier, une mutation du gène FANCM est identifiée, également présente au niveau germinal à l’état hétérozygote (anomalie confirmée ensuite par séquençage Sanger). L’analyse somatique montre également une perte d’hétérozygotie (LOH) au niveau du locus de FANCM. Ce variant de FANCM correspond à une modification de la protéine au niveau d’un domaine fonctionnel très conservé, en faveur de sa pathogénicité. Chez Madame P., l’association de la signature SBS3 avec un score HRD élevé combiné à une inactivation bi-allélique de FANCM conduit donc à lui proposer un traitement d’entretien par inhibiteur de PARP après la très bonne réponse à la chimiothérapie. Elle débute alors un traitement par olaparib, à une dose de 300 mg deux fois par jour. Après 3 mois de traitement, elle est en réponse métabolique complète (panel de droite). A plus de 15 mois de traitement par olaparib, la réponse complète est maintenue.

Pour cette jeune femme avec une génétique défavorable responsable d’une cancérogenèse multiple, en situation de recours, cette situation exemplaire d’une signature génomique simple met en évidence les avantages de la médecine de précision utilisant un laboratoire de séquençage moderne et des médicaments ciblés innovants personnalisés. En effet, sans ce résultat de séquençage, l’identification des différentes anomalies ayant conduit au traitement par olaparib et qui a permis d’obtenir une réponse complète maintenue plus de 15 mois, n’aurait pas été possible. La chimiothérapie n’aurait pas pu être poursuivie beaucoup plus longtemps (toxicités cumulatives), et la maladie aurait rapidement ré-évolué.

A l’initiative du groupe de travail « Ethique, réglementation, société » du PFMG, les Rencontres Sciences humaines et sociales et médecine génomique ont eu lieu les 30 juin et 1er juillet 2022, à la faculté de la Pitié Salpêtrière à Paris. Elles étaient initialement prévues en 2020 mais ont été retardées à cause de la pandémie.

Le PFMG a pour objectif de faciliter la mise en place de projets de recherche en sciences humaines et sociales dans le champ de la médecine génomique. Les intentions de cet évènement étaient donc de :

Mettre en relation des équipes de recherche de différentes disciplines afin de favoriser les collaborations relatives à la médecine génomique : chercheurs des disciplines SHS (droit, économie, philosophie, sociologie, psychologie, …) et acteurs (généticiens, cliniciens et biologistes, bioinformaticiens, patients…) au cœur des pratiques cliniques et du parcours de soin.
Informer les communautés SHS intéressées par le sujet sur les enjeux du PFMG et son avancement.
Mettre en évidence et échanger sur les travaux de recherche SHS en cours sur la médecine génomique.
Contribuer à la conception de futurs projets/ consortiums, en France ou à l’international.

Le Comité de programmation a voulu élaborer ces Rencontres SHS et médecine génomique dans une dynamique d’échanges autour de posters et de 4 tables rondes pluridisciplinaires :

Avec plus de 100 personnes inscrites et des discussions riches et animées, ces Rencontres ont été un vrai succès. Les 5 posters sont disponibles sur le site du PFMG, ainsi que les vidéos de l’évènement.

A la suite de ces Rencontres, la dynamique engagée va se poursuivre au travers de plusieurs actions, notamment :

L’organisation de prochaines Rencontres SHS et médecine génomique en 2023,
La constitution d’un groupe SHS au sein du PFMG,
La mise en place d’une veille des sources de financements,
La réalisation d’un état des lieux des recherches en cours.

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