Le Centre de Référence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert (CRefIX) constitue une des infrastructures du du Plan France Médecine Génomique 2025.
Le CRefIX a comme missions :
1) d’établir des référentiels et standards à mettre en œuvre en pratique clinique pour les plateformes de séquençage génomique et le collecteur analyseur de données (CAD).
2) de contribuer au développement et à l’intégration d’innovations aux étapes clefs de la médecine génomique, depuis le prélèvement (sang, tissus), la préparation des échantillons biologiques et le séquençage du génome, jusqu’à l’analyse bioinformatique et l’interprétation des données.
3) de collaborer avec tous les acteurs, publics et privés, pour faire émerger de nouvelles technologies et développer une filière industrielle française.
Ces champs d’activité concernent à la fois les questions relatives à la production des séquences (volet « humide ») et celles relatives à leur analyse (bio)informatique (volet « sec »).
Missions R&D
Innovation
Le CRefIX crée des collaborations avec l’ensemble des acteurs impliqués : industriels, experts académiques et plans génomiques européens ou internationaux. Il contribue ainsi à la constitution d’une filière industrielle dédiée.
Dans ce contexte, le CRefIX s’appuie sur des partenariats public-privés pour :
- développer des projets d’innovation et/ou lever des verrous majeurs,
- accélérer le transfert des connaissances et des technologies.
Exemples d’initiatives :
- Journée d’audition d’industriels
Des journées d’auditions sont organisées pour permettre aux industriels volontaires de présenter leur portefeuille de produits ou services ainsi que leurs développements en cours. Ils peuvent ainsi :
1) se porter candidat pour l’établissement de partenariats d’innovation,
2) discuter de leur positionnement stratégique vis à vis du plan et obtenir des conseils,
3) disposer d’informations sur les enjeux du plan envers l’industrie.
- Développement de projets d’innovation
Le CRefIX peut également développer des projets d’innovation seul ou en collaboration avec des groupes académiques, pour évaluer des évolutions technologiques récentes ou proposer des alternatives technologiques.
Contribution aux Projets pilotes
Le CRefIX participe à la définition des projets pilotes du Plan France Médecine Génomique 2025 :
- MULTIPLI (sarcomes des tissus mous),
- DEFIDIAG (déficience intellectuelle)
- GLUCOGEN (diabète atypique)
- POPGEN (population générale)
Missions Centre d’expertise et de référence
Globalement, le CRefIX a un rôle d’expert au niveau du plan et peut répondre aux questions posées par celui-ci.
Le CRefIX assurera une veille, en particulier au niveau du réseau de plateformes et du CAD.
Expertise et veille
Pour recommander les protocoles et méthodes à déployer dans les plateformes de séquençage et le CAD, le CRefIX opérera une plateforme de référence.
Elle lui permettra :
- d’identifier les points bloquants,
- les verrous technologiques,
- de tester des solutions,
- d’assurer les développements technologiques nécessaires à tous les niveaux pertinents de la chaîne de soin.
En s’appuyant sur ses collaborateurs et plus largement sur un réseau d’experts académiques, le CRefIX maintient une veille des connaissances fondamentales et académiques en lien avec le Plan France Médecine Génomique 2025.
Structuration et gouvernance
Le CRefIX est une Unité Mixte de Service entre le CEA, l’Inria, et l’Inserm. Il est piloté par Jean-François Deleuze et Alain Viari .
Les activités du CRefIX sont essentiellement localisées à Evry, dans des locaux du Centre national de recherche sur le génome humain (CNRGH) et le Genopole.
- Valeur seuil du RIN
- WGS sur fibroblastes
- Valeur seuil du DIN
- Utilisation du Kit Illumina DNA PCR-Free Prep avec échantillon non tumoral
- Evaluation de l’impact des tissus fixés au FFPE par comparaison aux tissus congelés
- Utilisation du Kit Illumina® DNA PCR-Free Prep à partir de tissus tumoraux congelés
- Complément sur l'utilisation du Kit Illumina® DNA PCR-Free Prep à partir de tissus tumoraux congelés
- Comparaison de 4 kits d’extraction ADN FFPE pour un séquençage WGS PCR-free
OÙ EN EST-ON ?
Depuis Novembre 2023, la réalisation d’examens pangénomiques à partir de prélèvements FFPE est déployée progressivement dans le cadre du PFMG2025. Elle concerne les patients :
- résidant dans les territoires d’Outre-Mer pour toutes les pré-indications de cancérologie du PFMG2025 ;
- atteints de cancers du pancréas, cholangiocarcinomes, cancers de primitif inconnu et néoplasies neuroendocrines, répondant aux critères des pré-indications de cancérologie du PFMG2025.
Un premier bilan à 6 mois des examens pangénomiques effectués sur des prélèvements FFPE par AURAGEN et SeqOIA a été effectué. Il confirme que l’analyse de prélèvements FFPE conduit à une performance analytique inférieure et à une organisation plus complexe et chronophage pour les LBM-FMG, impactant tous les acteurs, des prescripteurs aux biologistes. Il est donc prématuré à ce stade d’élargir les situations dans lesquelles il est possible d’analyser un prélèvement FFPE. Les circuits vont continuer à être rodés dans les 6 prochains mois, avec un nouveau bilan effectué à l’issue de cette période. Dans tous les cas, il reste indispensable de privilégier les prélèvements congelés autant que possible.
En parallèle, le CRefIX poursuit ses travaux pour optimiser la qualité des examens pangénomiques effectués sur des prélèvements FFPE.
Les résultats de l’évaluation du CRefIX portant sur la comparaison de 4 kits d’extraction d’ADN pour des échantillons FFPE est publiée.
A partir du 2 Novembre 2023, il sera possible d’adresser des prélèvements FFPE à AURAGEN et SeqOIA pour les patients atteints de :
- Cancers du pancréas ;
- Cholangiocarcinomes ;
- Cancers de primitif inconnu ;
- Néoplasies neuroendocrines.
et répondant aux critères des préindications de cancérologie du PFMG2025.
Retrouvez la note d’information sur la réalisation d’examens pangénomiques à partir de prélèvements FFPE dans le cadre du PFMG2025 ici.
Fiche de poste postdoctorant en bioinformatique
Vous pouvez envoyer votre candidature aux adresses suivantes : christine.michel@cea.fr et vturon@cnrgh.fr
Vous pouvez retrouver ces recommandations en bas de la page dédiée au CRefIX.
- RT09 : Recommandation à propos de l’utilisation du Kit Illumina® DNA PCR-Free Prep à partir de tissus tumoraux congelés
- DT01 : Evaluation de l’impact des tissus fixés au Formalin-Fixed Paraffin Embedded (FFPE) par comparaison aux tissus congelés (FF) en WGS PCR-free (Truseq DNA PCR-free, Illumina)
- DT02 : Recommandation à propos de l’utilisation du Kit Illumina® DNA PCR-Free Prep à partir de tissus tumoraux congelés (complément de la recommandation RT09)
Le CRefiX est une unité mixte de services constituée entre l’Inserm, le CEA et l’Inria. Jean-François Deleuze (Centre national de génotypage au CEA) en est le directeur. Alain Viari (Inria), le directeur adjoint.
Le CRefIX se charge, en collaboration avec le CNRGH, de la réalisation des séquençages et de l’analyse bioinformatique primaire de ces projets.
En particulier, organisation de réunions avec des experts académiques pour les accompagner sur la rédaction de cahiers des charges, la bio-informatique, le séquençage humide, travaux sur la standardisation des protocoles, etc.