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La préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire - juin 2021
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Selon l’avancement des inclusions dans le projet pilote DEFIDIAG dans les différents centres, la préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire. Aujourd’hui, il est possible de prescrire un examen pangénomique dans le cadre de cette préindication dans les régions Île-de-France, Grand-Est, Occitanie, Bretagne, Hauts-de-France et en Outre mer.

MULTIPLI : 110 participants randomisés dans l’étude - juin 2021
DEFIDIAG : 930 trios inclus soit 73 % des inclusions - juin 2021
Accès aux données PFMG pour la recherche - juin 2021
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Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) s’inscrit dans un continuum soin-recherche et la réutilisation des données issues du soin pour des projets de recherche en est un des axes majeurs. Au-delà de sa vocation sanitaire première avec l’ambition de prendre en charge 50 000 patients chaque année, la réutilisation des données des patients ayant apporté leur consentement sera un atout majeur pour renforcer la compétitivité des équipes de recherche académique et des entreprises françaises et pour développer des collaborations internationales ambitieuses.

Parmi les outils développés dans le cadre du PFMG2025, le Collecteur Analyseur de Données (CAD) est amené à jouer un rôle central. Celui-ci a pour ambition de fournir une infrastructure de collecte des données génomiques et de mise à disposition de services sur les volets du soin et de la recherche. Totalement lié aux autres outils du PFMG2025, il sera alimenté par les laboratoires de séquençage (aujourd’hui les LBM-FMG AURAGEN et SeqOIA), et recevra également les données provenant des projets pilotes (MULTIPLI, DEFIDIAG, GLUCOGEN et POPGEN).

 

 

La réutilisation des données du PFMG2025 pour la recherche s’inscrit dans une dynamique de science ouverte. L’ouverture des données a vocation à être la plus large possible, tout en assurant leur sécurité et en respectant un certain nombre de critères scientifiques et éthiques définis par un groupe de travail dédié et validés par la gouvernance du PFMG2025.

 

Aujourd’hui, le Comité Scientifique et Ethique (CSE) du CAD se met en place. Il sera en charge de s’assurer, dès le mois de septembre 2021, que les projets de recherche ayant accès aux données respectent ces critères.  Une procédure a été rédigée dans ce cadre et le guichet d’accompagnement d’accès aux données du PFMG2025 vient d’ouvrir pour expliquer et faciliter les démarches. Des services complémentaires optionnels seront progressivement mis en place pendant la première année de fonctionnement du CAD, pour aider des chercheurs d’horizons diverses à monter leur projet, ou encore pour bénéficier le plus efficacement possible des ressources de calcul du CAD dans le cadre de projets populationnels larges et ambitieux.

 

Procédure d’accès aux données du CAD pour un projet de recherche

 

  • Le porteur de projet demandant l’accès aux données du CAD sollicite le guichet d’accompagnement du PFMG2025 pour préparer un dossier de candidature : accompagnementCAD@aviesan.fr.
  • Le porteur de projet dépose le dossier de candidature au secrétariat du CSE. Le CSE évalue la conformité du projet de recherche aux critères d’accès aux données. Il se réunit tous les mois et à l’issue d’une discussion collégiale, et peut rendre un avis favorable, favorable sous réserve de maturation du projet, ou défavorable.
  • Le secrétariat du CAD transmet l’avis motivé du CSE au porteur de projet.
  • En cas d’avis favorable sous réserve de maturation, le projet bénéficie d’un accompagnement méthodologique par les équipes du CAD afin d’obtenir un nouvel avis positif du CSE.
  • Si un avis favorable est rendu par le CSE, les équipes du CAD organisent des échanges réguliers avec le porteur de projet pour établir un calendrier prévisionnel de l’accès aux données, tenant compte de la disponibilité des données au CAD, de l’importation de données complémentaires pour la réalisation du projet, du plan de charge du CAD et de la date de finalisation du dossier (obtention des financements et des autorisations réglementaires).
  • Un accord de collaboration et les engagements du porteur de projet sont signés.
  • Un espace sécurisé dédié est créé au sein du CAD, afin d’accéder aux données du PFMG2025.

 

D’ici la fin de l’année, l’infrastructure du CAD pourra donner accès aux premiers projets de recherche.

Extensions de pré-indications - juin 2021
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En janvier, les échanges individuels par préindication ont été l’occasion pour les coordonnateurs des FSMR et sociétés savantes d’exprimer leurs besoins en termes d’extensions de préindications.

12 des 14 demandes d’extensions de préindications soumises au comité opérationnel du PFMG ont été validées par ses membres en avril. Les fiches préindications ont été mises à jour pour prendre en compte l’élargissement des critères. Six préindications sont également amenées à changer de dénomination.

Portage

Nom de la préindication

avant extension

Extension Nom final de la préindication
CARDIOGEN Malformations cardiaques congénitales complexes, formes syndromiques sporadiques Extension aux formes familiales Malformations cardiaques complexes congénitales
DEFISCIENCE Épilepsies pharmacorésistantes à début précoce Extension à un âge de début de la maladie au-delà de 12 mois et à des phénotypes épileptiques particuliers Épilepsies pharmacorésistantes à début précoce
DEFISCIENCE/

AnDDI-Rares

Malformations cérébrales Extension à toutes les malformations cérébrales sans DI car préindication en cours restreinte à certes malformations cérébrales Malformations cérébrales
FILNEMUS Maladies mitochondriales d’une particulière gravité Extension aux formes moins sévères Maladies mitochondriales
OSCAR Pathologies rares du métabolisme phosphocalcique ou de la minéralisation dentaire Extension aux calcifications ectopiques et les hyperparathyroïdies familiales à début pédiatrique Pathologies rares du métabolisme phosphocalcique ou de la minéralisation dentaire
BRAIN TEAM Maladies neurodégénératives du sujet jeune Extension aux démences du sujet jeune Maladies neurodégénératives du sujet jeune
FAVA-Multi Syndrome de Marfan et pathologies apparentées formes familiales d’anévrisme de l’aorte thoracique Extension au syndrome de Marfan sans atteinte aortique Syndrome de Marfan et pathologies apparentées, formes familiales d’anévrisme de l’aorte thoracique
MHEMO Pathologies plaquettaires constitutionnelles Extension à l’ensemble des  maladies hémorragiques constitutionnelles avec ou sans atteintes plaquettaires Pathologies de l’hémostase
RESPIFIL Formes inexpliquées d’hypertension pulmonaire Extension à l’ensemble des maladies pulmonaires rares inexpliquées Maladies respiratoires rares
SENSGENE Dystrophies rétiniennes héréditaires Extension à un âge de début de la maladie au-delà de 45 ans  Extension aux maculopathies (autres pathologies de la rétine) Dystrophies rétiniennes héréditaires
Surdités syndromiques et malformatives Extension aux surdités non syndromiques Surdités précoces
GBMHM Leucémies aiguës en rechute éligibles à un traitement curatif Extension aux leucémies aigües réfractaires ou leucémies aiguës secondaires Leucémies aiguës réfractaires ou en rechute chez l’adulte

Les circuits de prescription restent identiques pour ces préindications, de nouveaux prescripteurs pouvant être ajoutés dans certains cas.

Le lancement d’une troisième campagne d’ouverture de nouvelles pré-indications est en cours de discussion avec les tutelles.

Bilan d’activité - juin 2021
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Chaque mois, les LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN transmettent un bilan d’activité à l’équipe de coordination du PFMG qui en fait une synthèse à l’échelle nationale.

A ce jour, la très grande majorité des préindications dans le champ des maladies rares et des cancers ont démarré leur activité. Selon l’avancement des inclusions dans le projet pilote DEFIDIAG dans les différents centres, la préindication déficience intellectuelle s’ouvre progressivement sur le territoire. Aujourd’hui, il est possible de prescrire un examen pangénomique dans le cadre de cette préindication dans les régions Île-de-France, Grand-Est, Occitanie, Bretagne, Hauts-de-France et en Outre mer.

Le PFMG se poursuit sur une très bonne dynamique de montée en charge de l’activité en ce début d’année 2021 par rapport à 2020 (+77%), à la fois pour les maladies rares (+80%) et les cancers (+74%).

En 2021 (de janvier à fin mai) :

  • 2203 prescriptions ont été validées en RCP-FMG d’amont
    • 1734 pour des maladies rares
    • 437 pour des cancers
    • 32 pour de l’oncogénétique

  • 1583 dossiers patients ont été séquencés
  • 475 compte rendus ont été restitués aux prescripteurs pour les maladies rares et l’oncogénétique, et 447 en cancérologie. Au total, ce nombre a plus que quadruplé depuis la fin de l’année 2020 mais les efforts doivent encore être renforcés, en particulier dans le champ des maladies rares.

La présence des assistants de prescription dans les services de maladies rares et la possibilité de faire appel à des interprétateurs externes aux laboratoires de séquençage AURAGEN et SeqOIA, contribuent à renforcer la dynamique de montée en charge du PFMG.

MULTISARC : 94 patients inclus - avril 2021
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Les projets pilotes réalisés dans le cadre du Plan Français de Médecine Génomique (PFMG2025) visent à identifier et lever les verrous qui pourraient bloquer le déploiement d’un parcours de soin opérationnel et efficace.

 

Les sarcomes des tissus mous (STM) représentent 1% des cancers de l’adulte et 15% des cancers de l’enfant. Malgré un traitement locorégional bien conduit, 40% des patients vont développer une rechute métastatique. Les options de traitement sont alors limitées et la médiane de survie chez ces patients reste faible (entre 12 et 18 mois), sans amélioration depuis les années 1970. Des travaux récents ont mis en évidence que la réalisation d’un séquençage génétique pouvait permettre de mettre en évidence une altération génomique actionnable chez près de 50% des patients atteints de STM.

L’essai MULTISARC, est un essai clinique multicentrique randomisé de médecine génomique personnalisée incluant des patients atteints de STM métastatiques. Le schéma de l’étude inclut un séquençage de l’exome et du transcriptome, afin de pouvoir proposer un accès à des molécules ciblées à chaque patient présentant une altération ou une signature d’expression actionnable.

L’essai MULTISARC a pour objectif principal d’évaluer la faisabilité du séquençage de l’exome et du transcriptome chez des patients atteints de STM avancés. La faisabilité est définie comme étant la proportion de participants pour lesquels les résultats de séquençage sont interprétables, discutés en RCP (réunion de concertation multidisciplinaire) et transmis à l’investigateur dans un délai de 7 semaines suivant la réception des échantillons.

Cet essai permettra également de déterminer si le choix des traitements guidé par le séquençage génomique est une stratégie qui améliore la survie des patients. Ainsi, grâce à un partenariat public-privé avec 4 industriels, 10 thérapies ciblées sont disponibles en monothérapie ou en combinaison dans le cadre de sous-essais de phase II, dont l’objectif est d’évaluer l’efficacité de la thérapie ciblée en terme de taux de non-progression à 6 mois. Les patients inclus dans le bras avec séquençage et pour lesquels il aura été mis en évidence une altération génomique ciblable par l’une des thérapies ciblées disponibles pourront en bénéficier. Les participants ayant été randomisés dans le bras sans séquençage pourront être inclus dans le bras avec séquençage après échec des traitements standards.

Grâce aux efforts de toutes les équipes impliquées depuis la mise en œuvre de l’étude en octobre 2019, 94 patients ont été randomisés dans les 14 centres ouverts aux inclusions, dont 47 patients sont randomisés dans le bras « avec séquençage ». Les échantillons de 43 patients ont été analysés. Parmi eux, 23 ont au moins une altération ciblable dans le cadre de l’essai, au sein desquels 6 d’entre eux ont terminé leur première ligne de traitement et ont donc ainsi pu être inclus par la suite dans un des sous-essais de phase II. Ci-après la courbe des inclusions et la répartition des centres ouverts (en rouge) ou des ouvertures prévues (en violet) montrant la couverture territoriale.

 

Article :

FMG2025 Workflow study group (Alliance nationale des sciences de la Vie et de la santé), et al. ; ESMO Open ; 2020

Sollicitation d’interprétateurs extérieurs pour le PFMG2025 - avril 2021
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Le modèle de convention cadre relative à la participation d’interprétateurs à l’activité des LBM-FMG est finalisé. Les GCS* des LBM-FMG (SeqOIA et AURAGEN) signeront une convention avec les établissements de santé, afin de solliciter les praticiens recensés par le PFMG2025 en fonction de leurs besoins.

L’interprétation des données de STHD est un enjeu majeur du PFMG2025.

  • En été 2020, une enquête visant à recenser les interprétateurs pour chaque pré-indication a été largement diffusée sur le territoire. Les résultats ont été transmis aux LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN, après avoir recueilli l’avis des porteurs de préindications et des sociétés savantes.

  • En janvier 2021, un premier groupe de travail piloté par le Ministère de la santé (DGOS) a permis de définir les modalités de défraiement des interprétateurs. Le montant du défraiement a été calculé sur la base d’une médiane de temps passé : il est unique et fixé par dossier au coût d’une journée de CET d’un praticien hospitalier.

     

  • En parallèle, un deuxième groupe de travail piloté par la DGOS a élaboré un modèle de convention permettant aux LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN de solliciter des experts en dehors du périmètre des GCS. Le modèle de convention a été validé en mars 2021.

 

La convention est strictement restreinte aux examens de biologie médicale effectués dans le cadre du PFMG2025. Les LBM-FMG pourront ainsi solliciter des praticiens pour participer à leurs activités, en accord avec l’établissement de santé dont ils relèvent.

Les LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN proposeront à cet effet des formations sur les outils d’interprétation et pourront octroyer l’habilitation aux experts formés.

Le référent désigné dans chaque établissement de santé contribuant aux activités du LBM-FMG sera l’interlocuteur privilégié avec le LBM-FMG.

*Groupement de Coopération Sanitaire, structure juridique des LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN

Lancement de la phase pilote des RCP génomiques - avril 2021
Lancement de plusieurs groupes de travail sur le CAD - mars 2021
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Des groupes de travail sont lancés pour organiser la mise en place du CAD :

  • GT gouvernance et modèle économique du CAD
  • GT modèle technique du CAD soin et du CAD recherche
  • GT mise en place du Comité Scientifique et Éthique (CSE)